Het liberale gedachtegoed leidde in de negentiende eeuw tot scheuringen in de Hervormde Kerk. De in 1872 opgerichte Vereniging Christendom wilde in Enschede binnen deze kerk meer ruimte bieden aan bijbelgetrouwe predikanten. Onder de vlag van de Hervormde Kerk van Enschede kreeg Bethel in 1967 toestemming wekelijks rechtszinnige predikanten voor te laten gaan.
Dit leidde tot een sterke groei van de gemeente. In 1978 kreeg Bethel dan ook toestemming voor de start van een buitengewone wijkgemeente. Vanaf 2004 is Bethel een wijkgemeente van bijzondere aard (Wba) onder de PKN-vlag. Na het vertrek van ds. Jukema in 1973 werd ds. Louwerse de eerste predikant (1982-1995). Vanaf 1995 leidt ds. Laseur de gemeente.
De Bethelkerk maakt deel uit van de PGE en onderhoudt daarnaast goede contacten met de NGK.
